Žan Črnko je prve nogometne korake naredil v Martjancih pri Čardi, nato se je leta 2014 preselil v Muro, kjer je bil član vseh tekmovalnih selekcij. V sezoni 2019/20 je igral pri kadetih v Beltincih, nato pa se je vrnil k Muri. Članski ekipi se je pridružil na pripravah pred sezono 2023/24.